Einige Formate werden beim ersten Einrichten eines Projekts automatisch zugeordnet. Eine automatische Zuordnung erfolgt immer dann, wenn der Name des FrameMaker-Formats mit einem WebWorks Publisher-Format exakt übereinstimmt. Automatisch zugeordnete Formate sind mit einem Pfeil gekennzeichnet und können so auf einfache Weise von Ihren individuell festgelegten Zuordnungen unterschieden werden.
Prinzipiell besteht zwischen automatisch und manuell zugeordneten Formaten kein Funktionsunterschied. In beiden Fällen wird der Inhalt in die entsprechende Ausgabe konvertiert. Wenn der FrameMaker-Typ automatisch dem Format Default zugeordnet wurde, ist die Ausgabe in der Regel nicht richtig formatiert. Diese Formate müssen dann manuell zugeordnet werden.
Manche Formate werden auch dann automatisch zugeordnet, wenn ihre Namen nicht übereinstimmen. Beispielsweise wird der Absatztyp Body automatisch dem Format Body in der HTML-Schablone zugeordnet. Importierte Grafiken werden je nach Dateityp und je nachdem, ob der verankerte Rahmen zusätzliche Angaben enthält (z. B. Bildbeschriftungen), automatisch zugeordnet.
Der Standardsatz der FrameMaker-Marken wird in WebWorks Publisher automatisch zugeordnet, so daß Hypertext, Querverweise und Fußzeilen automatisch konvertiert werden.