Der Projektdatei wird standardmäßig die Erweiterung .wdt zugewiesen. Sie können das Projekt starten, indem Sie darauf doppelklicken. In der Projektdatei sind alle Formatdefinitionen und Zuordnungen enthalten. Außerdem sind darin die Liste der FrameMaker-Dateien, die referenzierten Unterstützungsdateien usw. gespeichert. Publisher legt automatisch eine Sicherungskopie der Projektdatei an.